Der forskes især inden for energiteknologi og -planlægning, miljøaspekter inden for energi-, industri- og jordbrugssektoren, bioproduktion, materialer, nanoteknologi, måleteknik til industrielle formål samt nuklear sikkerhed og strålingsbeskyttelse. Næsten halvdelen af omsætningen stammer fra opgaver, der er rekvireret af myndigheder og industri.
Risøs tre forskningsreaktorer er de eneste kernereaktorer, der har været i drift i Danmark.
Da Atomenergikommissionen blev nedlagt i 1976, blev Risø en institution med egen bestyrelse under det daværende Handelsministerium. Ved folketingsbeslutning i 1985 udgik kernekraft af dansk energiplanlægning, og ved en lovændring året efter blev det besluttet at videreføre Forskningscenter Risø som en selvstændig forskningsinstitution, som myndigheder og industri kan rekvirere forskning og rådgivning fra.